パッケージ: gromacs (2024.1-1 など)

[ ソース: gromacs  ]

Molecular dynamics simulator, with building and analysis tools

GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

It is primarily designed for biochemical molecules like proteins and lipids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non- biological systems, e.g. polymers.

This package contains variants both for execution on a single machine, and using the MPI interface across multiple machines.

タグ: 分野: 生物学, 構造生物学, field::chemistry, implemented-in::c, ユーザインタフェース: コマンドライン, interface::graphical, interface::x11, 役割: プログラム, インタフェースツールキット: X ライブラリ, X ウィンドウシステム: アプリケーション

その他の gromacs 関連パッケージ

• dep: gromacs-data (= 2020.5-4) [alpha]

  GROMACS molecular dynamics sim, data and documentation

  dep: gromacs-data (= 2021.4-2) [hppa, m68k, sh4, x32]

  dep: gromacs-data (= 2023.1-2) [ia64]

  dep: gromacs-data (= 2024.1-1) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, m68k, sh4 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libgromacs5 (>= 2020.5) [alpha]

  GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries

• dep: libgromacs6 (>= 2021.4) [hppa, m68k, sh4, x32]

  GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries

• dep: libgromacs8 (>= 2023.1) [ia64]

  GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries

• dep: libgromacs9 (>= 2024.1) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

  GROMACS molecular dynamics sim, shared libraries

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.5) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: libx11-6 [alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  X11 クライアントサイドライブラリ

• dep: sse4.2-support [amd64, x32]

  CPU feature checking - require SSE4.2

• rec: cpp

  GNU C プリプロセッサ (cpp)

• rec: mpi-default-bin [alpha, hppa, m68k, sh4, x32 以外]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• sug: pymol

  Molecular Graphics System

gromacs のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2020.5-4	146.5 kB	561.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2024.1-1+b1	59.5 kB	449.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2024.1-1+b1	60.8 kB	593.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2021.4-2	148.0 kB	512.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2023.1-2	65.7 kB	552.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2021.4-2	134.9 kB	554.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2024.1-1+b1	59.8 kB	609.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2024.1-1+b1	62.4 kB	593.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2024.1-1+b1	61.9 kB	593.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2024.1-1+b1	65.3 kB	417.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2024.1-1+b1	57.7 kB	417.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2021.4-2	158.4 kB	484.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2024.1-1+b1	59.0 kB	4,189.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2021.4-2	140.4 kB	514.0 kB	[ファイル一覧]