パッケージ: e-mem (1.0.1-5 など)

e-mem に関するリンク

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メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [www.csd.uwo.ca]

類似のパッケージ:

Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes

E-MEM enables efficient computation of Maximal Exact Matches (MEMs) that does not use full text indexes. The algorithm uses much less space and is highly amenable to parallelization. It can compute all MEMs of minimum length 100 between the whole human and mouse genomes on a 12 core machine in 10 min and 2 GB of memory; the required memory can be as low as 600 MB. It can run efficiently genomes of any size. Extensive testing and comparison with currently best algorithms is provided.

Mummer has many different scripts where one of the key program is MEM computation. In all the scripts, the MEM computation program can be replaced with e-mem with ease for better performance.

その他の e-mem 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgomp1 (>= 4.9)

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [riscv64 以外]
dep: libunwind8 [ia64]

プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

enh: mummer

遺伝子全体の効率的な配列アライメント

e-mem のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.0.1-5	33.7 kB	106.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.0.1-5	34.0 kB	106.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.1-5	31.0 kB	94.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.0.1-5	33.9 kB	101.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.1-5	33.6 kB	81.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.0.1-5	39.3 kB	106.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.1-5	40.2 kB	117.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.0.1-5	43.8 kB	162.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.0.1-5	37.8 kB	113.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.1-5	33.7 kB	117.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.0.1-5	34.8 kB	162.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.1-5	34.5 kB	162.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.1-5+b1	33.6 kB	87.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.1-5	31.5 kB	102.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.0.1-5	46.7 kB	105.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.0.1-5	30.4 kB	100.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.0.1-5	34.4 kB	101.0 kB	[ファイル一覧]