パッケージ: bowtie2 (2.5.3-1 など)

[ ソース: bowtie2  ]

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, use::comparing, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の bowtie2 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, ia64, m68k, sh4 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [alpha]

  パッケージは利用できません

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ppc64, sparc64]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, m68k, ppc64, sh4, sparc64 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [alpha, m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

bowtie2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.3.5.1-6	1,666.9 kB	6,178.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.5.3-1	1,404.0 kB	5,684.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.5.3-1	1,308.1 kB	5,062.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.5.1-1	2,341.5 kB	11,597.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.4.2-2+b1	1,202.1 kB	5,463.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.5.3-1	1,389.0 kB	6,186.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.4.5-1	1,346.4 kB	5,825.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.5.3-1	1,454.9 kB	5,960.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.5.3-1	1,597.8 kB	4,664.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.4.2-2+b1	1,683.6 kB	4,651.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.4.5-1	1,197.3 kB	5,155.0 kB	[ファイル一覧]