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パッケージ: bedtools (2.27.1+dfsg-4 など)

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suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: スイート (統合環境), 目的: use::analysing, use::comparing, データの変換, use::filtering, works-with::biological-sequence

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アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha (非公式の移植版) 2.27.1+dfsg-3 554.2 kB2,274.0 kB [ファイル一覧]
amd64 2.27.1+dfsg-4 579.5 kB1,955.0 kB [ファイル一覧]
arm64 2.27.1+dfsg-4 515.0 kB1,803.0 kB [ファイル一覧]
armel 2.27.1+dfsg-4 468.1 kB1,634.0 kB [ファイル一覧]
armhf 2.27.1+dfsg-4 497.1 kB1,190.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 2.26.0+dfsg-3 624.5 kB2,371.0 kB [ファイル一覧]
i386 2.27.1+dfsg-4 634.7 kB2,186.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 2.27.1+dfsg-3 562.0 kB1,886.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 2.27.1+dfsg-4 513.7 kB2,518.0 kB [ファイル一覧]
mipsel 2.27.1+dfsg-4 522.3 kB2,394.0 kB [ファイル一覧]
powerpcspe (非公式の移植版) 2.27.1+dfsg-3 529.0 kB1,959.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 2.26.0+dfsg-5 563.4 kB2,404.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 2.27.1+dfsg-4 584.6 kB2,407.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 (非公式の移植版) 2.27.1+dfsg-3 571.7 kB1,597.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 2.27.1+dfsg-3 678.7 kB1,739.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 2.26.0+dfsg-5 460.9 kB1,898.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 2.26.0+dfsg-5 555.3 kB1,727.0 kB [ファイル一覧]