[ ソース: tnseq-transit ]
パッケージ: tnseq-transit (2.3.4-1)
tnseq-transit に関するリンク
Debian の資源:
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メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [saclab.tamu.edu]
類似のパッケージ:
統計的な遺伝子もしくはゲノム領域の必須性計算
Tn-Seq データセットの解析用のソフトウェアです。遺伝子およびゲノム領域の必須性の 様々な統計計算手法 (2条件間の条件付必須性を含む) を含みます。これらの手法は Sassetti lab (UMass) と Ioerger lab (Texas A&M) のコラボレーションにより 開発および検証されています。
TRANSIT は Himar1 または Tn5 データセットから構築された TnSeq ライブラリを 解析することができます。
TRANSIT はローシークエンスファイル (.fastq) の前処理が済んでおり、 リードカウントが .wig フォーマットのファイルに抽出されていることを想定 しています。.wig ファイルには挿入が起こりうる (リードがないサイトを含む) 全てのサイトのカウントが含まれていることが要求されます。Himar1 データセット の場合、これはゲノム内の全 TA サイトです。Tn5 データセットの場合、 これはゲノム中ノ全ヌクレオチドになるでしょう。
その他の tnseq-transit 関連パッケージ
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- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
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- dep: python
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)
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- dep: python-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab
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- dep: python-numpy
- Numerical Python - Python 言語に高速な配列操作機能を追加
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- dep: python-pil
- Python 画像ライブラリ (Pillow フォーク)
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- dep: python-pkg-resources
- pkg_resources を用いたパッケージ検索およびリソースアクセス
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- dep: python-scipy
- scientific tools for Python
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- dep: python-wxgtk3.0
- Python interface to the wxWidgets Cross-platform C++ GUI toolkit