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パッケージ: infernal (1.1.2-2)

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inference of RNA secondary structural alignments

Infernal ("INFERence of RNA ALignment") searches DNA sequence databases for RNA structure and sequence similarities. It provides an implementation of a special variant of profile stochastic context-free grammars called covariance models (CMs). A CM is like a sequence profile, but it scores a combination of sequence consensus and RNA secondary structure consensus, so in many cases, it is more capable of identifying RNA homologs that conserve their secondary structure more than their primary sequence.

The tool is an integral component of the Rfam database.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 目的: 解析

その他の infernal 関連パッケージ

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amd64 21,623.7 kB41,439.0 kB [ファイル一覧]
i386 19,435.4 kB41,274.0 kB [ファイル一覧]