パッケージ: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

[ ソース: pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

その他の pdb2pqr 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.1.3)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libpython2.7 (>= 2.7)

  Python 共有ランタイムライブラリ (バージョン 2.7)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)

• dep: python-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks

• dep: python-numpy

  Numerical Python - Python 言語に高速な配列操作機能を追加

• sug: apbs

  アダプティブポアソンボルツマンソルバ

• enh: autodocktools

  パッケージは利用できません

pdb2pqr のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	382.7 kB	2,842.0 kB	[ファイル一覧]