パッケージ: maffilter (1.3.1+dfsg-1 など)

[ ソース: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

その他の maffilter 関連パッケージ

• dep: libboost-iostreams1.67.0

  Boost.Iostreams ライブラリ

• dep: libboost-regex1.67.0 (>= 1.67.0-10)

  regular expression library for C++

• dep: libbpp-core4

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12

  Bio++ Sequence library

• dep: libbz2-1.0

  高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム

• dep: libc6 (>= 2.1.3)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

maffilter のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	1.3.1+dfsg-1+b1	213.4 kB	806.0 kB	[ファイル一覧]