パッケージ: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-3 など) [non-free]

[ ソース: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 役割: プログラム, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の cufflinks 関連パッケージ

• dep: libboost-serialization1.67.0

  serialization library for C++

• dep: libboost-system1.67.0

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libboost-thread1.67.0

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.23)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• enh: tophat

  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

cufflinks のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	2.2.1+dfsg.1-3+b1	1,494.9 kB	10,392.0 kB	[ファイル一覧]