パッケージ: alien-hunter (1.7-7)

[ ソース: alien-hunter  ]

水平伝播 DNA を識別するための Interpolated Variable Order Motifs

Alien_hunter は、Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs)の実装により、 遺伝子の水平伝播 (HGT) イベントの推定するためのアプリケーションです。 IVOM アプローチでは、可変順序モチーフ分布により組成上のバイアスを利用して、 固定順序法に比べてシーケンスのローカル組成物をより確実にキャプチャします。 必要に応じて予測は、変化点検出フレームワーク内で 2 ステート 2 次隠れマルコフ モデル (HMM) で解析することができ、予測領域の境界の局在を最適化することが できます。予測 (embl 形式) は、http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/ より自由に利用できる Artemis ゲノムビューアへ自動的にロードすることが できます。

タグ: 分野: 生物学, 構造生物学, 実装言語: implemented-in::java, implemented-in::perl, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, scope::utility, 目的: 解析

その他の alien-hunter 関連パッケージ

• dep: libbiojava-java

  Java API to biological data and applications (default version)

• dep: libbytecode-java

  Java bytecode manipulation library

• dep: libcommons-cli-java

  Command line arguments and options parsing library

• dep: libcommons-collections3-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libcommons-dbcp-java

  Database Connection Pooling Services

• dep: libcommons-pool-java

  Java オブジェクトのプーリング実装

• sug: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

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