パッケージ: barrnap (0.9+dfsg-1)

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類似のパッケージ:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::perl, interface::commandline, 役割: プログラム, 目的: use::searching, works-with::biological-sequence

その他の barrnap 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
dep: hmmer (>= 3.1)

タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

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