パッケージ: skewer (0.2.2-2)

[ ソース: skewer  ]

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skewer implements the bit-masked k-difference matching algorithm dedicated to the task of adapter trimming and it is specially designed for processing next-generation sequencing (NGS) paired-end sequences.

Features

 * Detection and removal of adapter sequences
 * Insertion and deletion allowed in pattern matching
 * Targeted at Single End, Paired End (PE), and Long Mate Pair (LMP) reads
 * Demultiplexing of barcoded sequencing runs
 * Multi-threading support
 * Trimming based on phred quality scores
 * IUPAC characters for barcodes and adapters
 * Compressed input and output support

その他の skewer 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

skewer のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	68.2 kB	198.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	59.4 kB	166.0 kB	[ファイル一覧]
armel	58.8 kB	174.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	60.4 kB	130.0 kB	[ファイル一覧]
i386	71.0 kB	214.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	63.4 kB	212.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	65.1 kB	206.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	65.9 kB	211.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	60.9 kB	194.0 kB	[ファイル一覧]