パッケージ: vienna-rna (2.4.17+dfsg-2) [non-free]

[ ソース: vienna-rna  ]

RNA sequence analysis

The Vienna RNA Package consists of a C code library and several stand-alone programs for the prediction and comparison of RNA secondary structures. It is developed and maintained by the group of Ivo Hofacker in Vienna.

RNA secondary structure prediction through energy minimization is the most used function in the package. It provides three kinds of dynamic programming algorithms for structure prediction:

 * the minimum free energy algorithm of (Zuker & Stiegler 1981) which
   yields a single optimal structure,
 * the partition function algorithm of (McCaskill 1990) which calculates
   base pair probabilities in the thermodynamic ensemble, and the
   suboptimal folding algorithm of (Wuchty et.al 1999) which generates
   all suboptimal structures within a given energy range of the optimal
   energy.

For secondary structure comparison, the package contains several measures of distance (dissimilarities) using either string alignment or tree-editing (Shapiro & Zhang 1990). Finally, is provided an algorithm to design sequences with a predefined structure (inverse folding). The RNAforester package is a tool for aligning RNA secondary structures and it's user interface integrates to those of the tools of the Vienna RNA package.

その他の vienna-rna 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmpfr6 (>= 3.1.3)

  多倍長精度浮動小数点演算

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• rec: readseq

  Conversion between sequence formats

vienna-rna のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2,795.1 kB	84,043.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2,510.6 kB	85,207.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2,441.4 kB	85,843.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2,130.9 kB	76,220.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2,631.7 kB	92,329.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	2,605.9 kB	91,163.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2,755.3 kB	90,969.0 kB	[ファイル一覧]