パッケージ: spaced (1.2.0-201605+dfsg-2)

[ ソース: spaced  ]

alignment-free sequence comparison using spaced words

Spaced (Words) is a new approach to alignment-free sequence comparison. While most alignment-free algorithms compare the word-composition of sequences, spaced uses a pattern of care and don't care positions. The occurrence of a spaced word in a sequence is then defined by the characters at the match positions only, while the characters at the don't care positions are ignored. Instead of comparing the frequencies of contiguous words in the input sequences, this new approach compares the frequencies of the spaced words according to the pre-defined pattern. An information-theoretic distance measure is then used to define pairwise distances on the set of input sequences based on their spaced-word frequencies. Systematic test runs on real and simulated sequence sets have shown that, for phylogeny reconstruction, this multiple-spaced-words approach is far superior to the classical alignment-free approach based on contiguous word frequencies.

その他の spaced 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, mipsel 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

spaced のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	54.8 kB	153.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	48.6 kB	133.0 kB	[ファイル一覧]
armel	48.1 kB	132.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	47.9 kB	96.0 kB	[ファイル一覧]
i386	61.2 kB	160.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	54.1 kB	176.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	58.3 kB	179.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	59.4 kB	209.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	49.7 kB	153.0 kB	[ファイル一覧]