パッケージ: last-align (1179-1 など)

[ ソース: last-align  ]

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 役割: プログラム

その他の last-align 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• rec: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

last-align のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1179-1+b1	1,826.5 kB	21,262.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1179-1+b1	751.8 kB	3,742.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1179-1+b1	682.4 kB	3,778.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1179-1+b1	679.5 kB	2,910.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1179-1+b1	3,016.0 kB	29,262.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1179-1+b1	798.0 kB	4,606.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	1179-1+b1	732.3 kB	4,556.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1179-1+b1	843.7 kB	4,850.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1179-1+b1	775.4 kB	4,234.0 kB	[ファイル一覧]