パッケージ: kallisto (0.46.2+dfsg-2)

[ ソース: kallisto  ]

near-optimal RNA-Seq quantification

Kallisto is a program for quantifying abundances of transcripts from RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput sequencing reads. It is based on the novel idea of pseudoalignment for rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need for alignment. On benchmarks with standard RNA-Seq data, kallisto can quantify 30 million human reads in less than 3 minutes on a Mac desktop computer using only the read sequences and a transcriptome index that itself takes less than 10 minutes to build. Pseudoalignment of reads preserves the key information needed for quantification, and kallisto is therefore not only fast, but also as accurate than existing quantification tools. In fact, because the pseudoalignment procedure is robust to errors in the reads, in many benchmarks kallisto significantly outperforms existing tools.

その他の kallisto 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, s390x]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

kallisto のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	236.4 kB	706.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	211.4 kB	626.0 kB	[ファイル一覧]
armel	203.0 kB	600.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	210.7 kB	456.0 kB	[ファイル一覧]
i386	256.5 kB	740.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	211.9 kB	774.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	218.3 kB	758.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	237.3 kB	786.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	215.3 kB	714.0 kB	[ファイル一覧]