パッケージ: idba-extra (1.1.3-7)

[ ソース: idba  ]

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

This package ships extra tools for using idba in specific situations.

その他の idba-extra 関連パッケージ

• dep: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• dep: libatomic1 (>= 4.8) [mipsel]

  __atomic ビルトイン関数を提供するサポートライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

idba-extra のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	398.8 kB	2,543.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	346.3 kB	2,163.0 kB	[ファイル一覧]
armel	337.2 kB	2,028.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	349.5 kB	1,516.0 kB	[ファイル一覧]
i386	432.0 kB	2,632.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	406.8 kB	3,061.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	422.8 kB	2,921.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	398.4 kB	3,391.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	359.3 kB	2,563.0 kB	[ファイル一覧]