パッケージ: fastahack (1.0.0+dfsg-7)

[ ソース: libfastahack  ]

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

その他の fastahack 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, arm64, ppc64el 以外]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

fastahack のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	12.1 kB	40.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	11.5 kB	40.0 kB	[ファイル一覧]
armel	11.5 kB	35.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	11.5 kB	35.0 kB	[ファイル一覧]
i386	12.5 kB	43.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	11.8 kB	41.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	11.8 kB	40.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	12.1 kB	84.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	11.7 kB	40.0 kB	[ファイル一覧]