パッケージ: dotter (4.44.1+dfsg-6 など)

[ ソース: seqtools  ]

detailed comparison of two genomic sequences

Dotter is a graphical dot-matrix program for detailed comparison of two sequences.

 * Every residue in one sequence is compared to every residue in the
   other, and a matrix of scores is calculated.
 * One sequence is plotted on the x-axis and the other on the y-axis.
 * Noise is filtered out so that alignments appear as diagonal lines.
 * Pairwise scores are averaged over a sliding window to make the score
   matrix more intelligible.
 * The averaged score matrix forms a three-dimensional landscape,
   with the two sequences in two dimensions and the height of the
   peaks in the third. This landscape is projected onto two
   dimensions using a grey-scale image - the darker grey of a peak,
   the higher the score is.
 * The contrast and threshold of the grey-scale image can be adjusted
   interactively, without having to recalculate the score matrix.
 * An Alignment Tool is provided to examine the sequence alignment that
   the grey-scale image represents.
 * Known high-scoring pairs can be loaded from a GFF file and overlaid
   onto the plot.
 * Gene models can be loaded from GFF and displayed alongside the
   relevant axis.
 * Compare a sequence against itself to find internal repeats.
 * Find overlaps between multiple sequences by making a dot-plot of all
   sequences versus themselves.
 * Run Dotter in batch mode to create large, time-consuming dot-plots as
   a background process.

タグ: インタフェースツールキット: GTK

その他の dotter 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 二次元ベクトルグラフィックライブラリ

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2)

  使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)

• dep: libgbtools0 (>= 4.44.1+dfsg)

  library for visualising sequence alignments

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.22.0)

  C ルーチンの GLib ライブラリ

• dep: libgtk2.0-0 (>= 2.12.0)

  GTK graphical user interface library - old version

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  国際化されたテキストのレイアウトと描画

• dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

  国際化されたテキストのレイアウトと描画

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dotter のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	4.44.1+dfsg-6+b1	598.9 kB	813.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	4.44.1+dfsg-6+b1	585.6 kB	801.0 kB	[ファイル一覧]
armel	4.44.1+dfsg-6+b1	577.8 kB	759.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	4.44.1+dfsg-6+b1	579.4 kB	699.0 kB	[ファイル一覧]
i386	4.44.1+dfsg-6+b1	606.6 kB	851.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	4.44.1+dfsg-6+b1	598.8 kB	901.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	4.44.1+dfsg-6+b1	600.3 kB	872.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	4.44.1+dfsg-6+b1	604.0 kB	901.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	4.44.1+dfsg-6+b1	587.7 kB	829.0 kB	[ファイル一覧]