パッケージ: crac (2.5.2+dfsg-4)

[ ソース: crac  ]

integrated RNA-Seq read analysis

CRAC is a tool to analyze High Throughput Sequencing (HTS) data in comparison to a reference genome. It is intended for transcriptomic and genomic sequencing reads. More precisely, with transcriptomic reads as input, it predicts point mutations, indels, splice junction, and chimeric RNAs (ie, non colinear splice junctions). CRAC can also output positions and nature of sequence error that it detects in the reads. CRAC uses a genome index. This index must be computed before running the read analysis. For this sake, use the command "crac-index" on your genome files. You can then process the reads using the command crac. See the man page of CRAC (help file) by typing "man crac". CRAC requires large amount of main memory on your computer. For processing against the Human genome, say 50 million reads of 100 nucleotide each, CRAC requires about 40 gigabytes of main memory. Check whether the system of your computing server is equipped with sufficient amount of memory before launching an analysis.

その他の crac 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgkarrays1 (>= 2.1.0+dfsg)

  library to query large collection of NGS sequences

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

crac のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	448.9 kB	2,258.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	432.8 kB	2,213.0 kB	[ファイル一覧]
armel	415.7 kB	2,167.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	416.2 kB	2,031.0 kB	[ファイル一覧]
i386	461.9 kB	2,307.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	469.6 kB	2,459.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	477.5 kB	2,435.0 kB	[ファイル一覧]