パッケージ: libjellyfish-perl (2.3.0-10)

[ ソース: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::perl, 役割: 開発ライブラリ

その他の libjellyfish-perl 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, arm64, ppc64el 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: perlapi-5.32.1

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

libjellyfish-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	54.6 kB	174.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	50.7 kB	170.0 kB	[ファイル一覧]
armel	55.9 kB	172.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	56.6 kB	140.0 kB	[ファイル一覧]
i386	63.1 kB	184.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	49.3 kB	191.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	54.8 kB	230.0 kB	[ファイル一覧]