パッケージ: parsnp (1.5.4+dfsg-1)

[ ソース: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

その他の parsnp 関連パッケージ

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: mummer

  遺伝子全体の効率的な配列アライメント

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

parsnp のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	185.2 kB	1,881.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	174.9 kB	1,837.0 kB	[ファイル一覧]
armel	167.3 kB	1,836.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	164.4 kB	1,760.0 kB	[ファイル一覧]
i386	188.3 kB	1,900.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	185.0 kB	1,927.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	187.4 kB	1,925.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	197.4 kB	1,945.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	169.9 kB	1,885.0 kB	[ファイル一覧]