パッケージ: r-cran-spp (1.16.0-2)

[ ソース: r-cran-spp  ]

GNU R ChIP-seq processing pipeline

R package for anlaysis of ChIP-seq and other functional sequencing data

 * Assess overall DNA-binding signals in the data and select appropriate
   quality of tag alignment.
 * Discard or restrict positions with abnormally high number of tags.
 * Calculate genome-wide profiles of smoothed tag density and save them
   in WIG files for viewing in other browsers.
 * Calculate genome-wide profiles providing conservative statistical
   estimates of fold enrichment ratios along the genome. These can be
   exported for browser viewing, or thresholded to determine regions of
   significant enrichment/depletion.
 * Determine statistically significant point binding positions
 * Assess whether the set of point binding positions detected at a
   current sequencing depth meets saturation criteria, and if does not,
   estimate what sequencing depth would be required to do so.

その他の r-cran-spp 関連パッケージ

• dep: libbz2-1.0

  高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: r-api-4.0

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.0.2-1)

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-rsamtools

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-cran-bh (>= 1.66)

  (Virtual) GNU R package to provide BH

• dep: r-cran-catools

  GNU R package providing various utility functions

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

r-cran-spp のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	315.3 kB	453.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	309.7 kB	425.0 kB	[ファイル一覧]
armel	309.8 kB	424.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	309.5 kB	391.0 kB	[ファイル一覧]
i386	320.8 kB	459.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	308.7 kB	452.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	308.6 kB	454.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	317.2 kB	497.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	311.0 kB	444.0 kB	[ファイル一覧]