パッケージ: r-bioc-bitseq (1.34.0+dfsg-1)

[ ソース: r-bioc-bitseq  ]

transcript expression inference and analysis for RNA-seq data

The BitSeq package is targeted for transcript expression analysis and differential expression analysis of RNA-seq data in two stage process. In the first stage it uses Bayesian inference methodology to infer expression of individual transcripts from individual RNA-seq experiments. The second stage of BitSeq embraces the differential expression analysis of transcript expression. Providing expression estimates from replicates of multiple conditions, Log-Normal model of the estimates is used for inferring the condition mean transcript expression and ranking the transcripts based on the likelihood of differential expression.

その他の r-bioc-bitseq 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0)

  使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, i386, mips64el, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: r-api-4.0

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.15.5)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.99.3)

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-deseq

  GNU R differential gene expression analysis

• sug: r-bioc-edger

  Empirical analysis of digital gene expression data in R

r-bioc-bitseq のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1,104.1 kB	5,998.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1,062.4 kB	5,890.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1,041.0 kB	5,838.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1,047.6 kB	5,594.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1,135.7 kB	6,077.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1,066.9 kB	6,107.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	1,070.9 kB	6,055.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1,132.8 kB	6,254.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1,065.5 kB	6,029.0 kB	[ファイル一覧]