[ ソース: mmseqs2 ]
パッケージ: mmseqs2 (12-113e3+ds-3 など)
ultra fast and sensitive protein search and clustering
MMseqs2 (Many-against-Many sequence searching) is a software suite to search and cluster huge proteins/nucleotide sequence sets. MMseqs2 is open source GPL-licensed software implemented in C++ for Linux, MacOS, and (as beta version, via cygwin) Windows. The software is designed to run on multiple cores and servers and exhibits very good scalability. MMseqs2 can run 10000 times faster than BLAST. At 100 times its speed it achieves almost the same sensitivity. It can perform profile searches with the same sensitivity as PSI-BLAST at over 400 times its speed.
その他の mmseqs2 関連パッケージ
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- dep: libatomic1 (>= 4.8)
- __atomic ビルトイン関数を提供するサポートライブラリ
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- dep: libbz2-1.0
- 高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
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- dep: libstdc++6 (>= 9)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libzstd1 (>= 1.4.0)
- 高速なロスレス圧縮アルゴリズム
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム