パッケージ: samtools (1.16.1-1)

[ ソース: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の samtools 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.16)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  端末処理用共有ライブラリ

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  端末を扱う低レベルの terminfo 共有ライブラリ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

samtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	592.4 kB	1,304.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	566.4 kB	1,580.0 kB	[ファイル一覧]
armel	558.8 kB	1,573.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	561.4 kB	1,445.0 kB	[ファイル一覧]
i386	622.1 kB	1,417.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	572.9 kB	1,729.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	581.2 kB	1,659.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	614.7 kB	1,836.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	566.6 kB	1,332.0 kB	[ファイル一覧]