all options
wheezy  ] [  jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Source: mira  ]

Package: mira-assembler (3.4.0.1-3)

Links for mira-assembler

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package mira:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST

L'assemblatore di frammenti di genoma mira è un assemblatore specializzato per progetti di sequenziamento considerati "difficili" a causa di un alto numero di ripetizioni simili. Per i trascritti di EST (expressed sequence tag, etichette di sequenze espresse), miraEst è specializzato nel ricostruire trascritti originali di mRNA, al contempo rilevando e classificando polimorfismi di singoli nucleotidi (SNP) che vi appaiono in diverse variazioni.

L'assemblatore viene normalmente utilizzato per compiti vari quali la rilevazione di mutazioni in diversi tipi di cellule, analisi si somiglianza di trascritti tra organismi diversi e l'assemblaggio originale di sequenze da varie fonti per la progettazione di oligonucleotidi in esperimenti clinici con microarray.

Il pacchetto fornisce gli eseguibili elencati in seguito.

 Binari forniti:
 * mira: per assemblare sequenze genomiche;
 * miramem: stima la memoria necessaria per assemblare progetti.
   Realizzato attraverso un collegamento a mira.
 * convert_project: per convertire tipi di file progetto in altri tipi;
 * caf2fasta, caf2gbf, caf2text, caf2html, gbf2caf e gbf2fasta: alcuni
   convertitore di file usati di frequente (realizzati attraverso
   collegamenti a convert_project);
 * scftool: insieme di strumenti utili quando si lavora con file di trace
   SCF;
 * fastatool: insieme di strumenti utili quando si lavora con file di
   trace FASTA.

Script forniti:

 * fasta2frag.tcl: frammentazione di sequenze in sottosequenze più piccole
   parzialmente sovrapposte. Utile per simulare sequenze shotgun. Può
   creare sottosequenze in entrambe le direzioni (predefinito) e anche
   sequenze con terminali accoppiati.
 * fastaselect.tcl: dato un file FASTA (ed eventualmente un file di
   qualità FASTA) e un file con i nomi di letture, seleziona le sequenze
   dal FASTA di input (e dal file di qualità) e le scrive in un FASTA di
   output;
 * fastqselect.tcl: come fastaselect.tcl, ma per FASTQ;
 * fixACE4consed.tcl: consed ha un bug che gli impedisce di leggere
   etichette di consenso in file ACE scritti dall'assemblatore MIRA (e
   forse da altri programmi). Questo script manipola un file ACE in modo
   che consed possa leggere le etichette di consenso.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to mira-assembler

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download mira-assembler

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 3,580.8 kB8,087.0 kB [list of files]
armel 3,344.6 kB7,214.0 kB [list of files]
armhf 3,130.6 kB5,640.0 kB [list of files]
i386 3,480.0 kB8,131.0 kB [list of files]
ia64 6,532.9 kB17,680.0 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 2,507.4 kB5,857.0 kB [list of files]
kfreebsd-i386 2,542.0 kB6,021.0 kB [list of files]
mips 3,881.5 kB8,718.0 kB [list of files]
mipsel 3,928.3 kB8,762.0 kB [list of files]
powerpc 4,077.3 kB8,145.0 kB [list of files]
s390 3,533.0 kB7,995.0 kB [list of files]
s390x 3,867.8 kB9,177.0 kB [list of files]
sparc 3,595.5 kB7,868.0 kB [list of files]