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Package: alien-hunter (1.7-1)

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Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente

Alien_hunter è un'applicazione per predire presunti eventi di trasferimento orizzontale di geni (HGT) tramite l'implementazione di IVOM (Interpolated Variable Order Motifs). L'approccio con IVOM sfrutta deviazioni nella composizione usando distribuzioni di motivi ad ordine variabile e determina in modo più affidabile la composizione locale di una sequenza rispetto ad altri metodi di ordine fissato. Le predizioni possono opzionalmente essere analizzate con un modello di MarKov nascosto (HMM) di secondo ordine a due stati, in una infrastruttura di rilevazione di punto di cambiamento, per ottimizzare la localizzazione dei confini delle regioni predette. Le predizioni (in formato embl) possono essere automaticamente caricate nel visualizzatore di genomi Artemis, disponibile all'indirizzo: http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

L'articolo che descrive l'algoritmo alien_hunter è disponibile su Bioinformatics: Interpolated variable order motifs for identification of horizontally acquired DNA: revisiting the Salmonella pathogenicity islands.

 Vernikos GS, Parkhill J Bioinformatics. 2006;. PMID: 16837528

Tags: Field: Biology, Structural Biology, Implemented in: Java, Perl, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing

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