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Package: wise (2.4.1-21)

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confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche

Wise2 è un pacchetto incentrato sul confronto tra biopolimeri, tipicamente sequenze di DNA e proteiche. Ci sono molti altri pacchetti che lo fanno, tra i quali i più noti sono probabilmente BLAST (dal NCBI) e Fasta (di Bill Pearson). Ci sono altri pacchetti, come HMMER (Sean Eddy) o SAM (UC Santa Cruz) che si incentrano su modelli di Markov nascosti (HMM) relativi a biopolimeri.

Il punto di forza caratteristico di Wise2 è il confronto tra sequenze di DNA a livello della loro traduzione in proteine. Il confronto permette la predizione simultanea di, per esempio, strutture di geni con allineamenti basati sulle omologie.

Wise2 contiene anche altri algoritmi, come il venerando Smith-Waterman oppure altri più moderni, come l'algoritmo con penalità per i gap di Stephen Altschul, fino a persino alcuni algoritmi sperimentali sviluppati all'interno del progetto come dba. Lo sviluppo di questi algoritmi è dovuto alla facilità di sviluppare algoritmi simili nell'ambiente usato da Wise2.

Wise2 è stato scritto tenendo a mente anche la facilità di riutilizzo e di gestione. Sebbene sia un pacchetto in puro C, si può accedere alle sue funzioni direttamente dal Perl. Alcune parti del pacchetto (o tutto il pacchetto) possono essere usate da altri programmi C o C++ senza conflitti nello spazio dei nomi dato che tutte le variabili con link esterno hanno nel nome il prefisso Wise2.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with::TODO

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