Package: t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 and others)

[ Source: t-coffee  ]

allineamento di sequenze multiple

T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare sequenze e strutture.

T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.

T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i propri metodi preferiti.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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  Libreria C GNU: librerie condivise
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• rec: ncbi-blast+

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• sug: seaview

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• sug: t-coffee-examples

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Download for all available architectures

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alpha (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	997.0 kB	3,340.0 kB	[list of files]
amd64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,007.5 kB	2,715.0 kB	[list of files]
arm64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	894.1 kB	2,634.0 kB	[list of files]
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armhf	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	857.3 kB	1,929.0 kB	[list of files]
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i386	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,010.5 kB	3,033.0 kB	[list of files]
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ppc64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,063.4 kB	3,402.0 kB	[list of files]
riscv64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1+b1	996.7 kB	2,295.0 kB	[list of files]
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sh4 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,073.0 kB	2,570.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	835.5 kB	3,150.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,010.6 kB	2,710.0 kB	[list of files]