Package: rsem (1.3.3+dfsg-3 and others)

[ Source: rsem  ]

RNA-Seq tramite Expectation-Maximization

RSEM è un pacchetto software per stimare i livelli di espressione di isoforme e geni da dati RNA-Seq. Il pacchetto RSEM fornisce un'interfaccia facile da usare, gestisce i thread per il calcolo parallelo dell'algoritmo EM, dati di lettura a terminali accoppiati e singoli, punteggi di qualità, letture a lunghezza variabile e stima RSPD. Inoltre, fornisce stime per la media a posteriori e per l'intervallo di confidenza al 95% per i livelli di espressione. Per la visualizzazione, può generare file BAM e Wiggle sia in coordinate dei trascritti sia in coordinate genomiche. I file in coordinate genomiche possono essere visualizzati sia dal navigatore UCSC Genome sia dall'Integrative Genomics Viewer (IGV) del Broad Institute. I file in coordinate dei trascritti possono essere visualizzati da IGV. RSEM ha anche i propri script per generare grafici della profondità di lettura dei trascritti in formato PDF. La funzionalità che distingue RSEM è che i grafici della profondità di lettura possono essere sovrapposti, con la profondità di lettura attribuibile a letture uniche mostrata in nero e quella attribuibile a letture multiple mostrata in rosso. Inoltre, i modelli dedotti dai dati possono anche essere visualizzati. Ultimo, ma non meno importante, RSEM contiene un simulatore.

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  Libreria C GNU: librerie condivise
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  libreria di supporto a GCC

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  Package not available

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  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

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  Package not available

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  allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi

• sug: r-bioc-ebseq

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Download rsem

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,275.3 kB	37,674.0 kB	[list of files]
amd64	1.3.3+dfsg-3+b1	35,295.5 kB	37,100.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.3+dfsg-3+b1	35,231.6 kB	37,212.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,265.2 kB	36,898.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.2.26+dfsg-2	402.7 kB	2,457.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35,248.4 kB	37,606.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,258.0 kB	37,532.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35,270.7 kB	37,532.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.3+dfsg-3+b2	35,274.5 kB	36,648.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.3+dfsg-3+b1	35,294.8 kB	37,180.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.3.2+dfsg-2+b1	35,337.5 kB	36,915.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,221.8 kB	50,502.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,299.9 kB	37,017.0 kB	[list of files]