Package: murasaki (1.68.6-13 and others)

[ Source: murasaki  ]

strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti

Murasaki è uno strumento per la rilevazione di omologie in più genomi vasti veloce e basato sulla teoria del linguaggio. Permette allineamenti globali multipli di genomi su scala di intero genoma. Gestisce modelli di lunghezza illimitata con gap e seed e filtraggio unico basato su TF-IDF.

Murasaki è un software per allineamento ad ancore, che è

 * estremamente veloce (17 ore di CPU per l'intero genoma uomo x topo (con
   40 nodi: 52 minuti di orologio))
 * scalabile (parallelizzabile a piacimento tra più nodi usando MPI. Anche
   un singolo nodo con 16 GB di RAM può gestire più di 1 Gpb di sequenza.)
 * con lunghezza illimitata dei modelli
 * tollerante alle ripetizioni
 * con riduzione intelligente del rumore

Other Packages Related to murasaki

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

  dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [not sparc64, x32]

  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

  libreria Boost.Iostreams

  dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [not sparc64, x32]

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.74.0-icu67 [sparc64]

  Package not available

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72 [x32]

  virtual package provided by libboost-regex1.74.0

• dep: libboost-system1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

  libreria per accedere al sistema operativo (es. supporto diagnostico)

• dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcrypto++6 [sparc64]

  Package not available

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not sparc64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: murasaki-common

  strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti (file comuni)

• rec: murasaki-examples

  Package not available

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Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.68.6-13+b5	586.0 kB	4,914.0 kB	[list of files]
amd64	1.68.6-13+b5	611.1 kB	4,244.0 kB	[list of files]
arm64	1.68.6-13+b5	533.9 kB	4,319.0 kB	[list of files]
armel	1.68.6-13+b5	444.2 kB	3,315.0 kB	[list of files]
armhf	1.68.6-13+b5	457.2 kB	2,339.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.68.6-13+b5	585.9 kB	4,020.0 kB	[list of files]
i386	1.68.6-13+b5	621.8 kB	4,071.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.68.6-13+b5	658.9 kB	8,435.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.68.6-13+b5	487.8 kB	3,599.0 kB	[list of files]
mips64el	1.68.6-13+b5	578.5 kB	5,874.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.68.6-13+b5	597.0 kB	5,792.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.68.6-13+b4	599.9 kB	5,536.0 kB	[list of files]
riscv64	1.68.6-13+b3	572.8 kB	3,211.0 kB	[list of files]
s390x	1.68.6-13+b4	596.5 kB	4,799.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.68.6-13+b4	505.8 kB	3,596.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.68.6-11	413.1 kB	3,088.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.68.6-13+b5	481.2 kB	2,773.0 kB	[list of files]