Package: iva (1.0.11+ds-5)

[ Source: iva  ]

assemblatore iterativo di sequenze di virus

IVA è un assemblatore de novo progettato per assemblare genomi di virus che non hanno sequenze ripetute, usando letture accoppiate Illumina sequenziate da popolazioni miste ad una profondità estremamente alta.

L'algoritmo principale di IVA funziona estendendo in maniera iterativa i contig usando letture accoppiate allineate. Il suo input possono essere semplicemente letture accoppiate o in aggiunta si può fornire un insieme esistente di contig da estendere. Come alternativa, può prendere le letture insieme a una sequenza di riferimento.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence, Works with: Files

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]
amd64	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]
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armhf	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]
i386	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]
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mips64el	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]
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riscv64	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]
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x32 (unofficial port)	8,380.5 kB	8,770.0 kB	[list of files]