Package: bandage (0.9.0-2 and others)

[ Source: bandage  ]

applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo

Bandage è un programma con GUI che permette agli utenti di interagire con grafi di assemblati creati da assemblatori de novo come Velvet, SPAdes, MEGAHIT e altri.

I grafi degli assemblati de novo non contengono solo i contig assemblati, ma anche le connessioni tra tali contig, che precedentemente non erano facilmente accessibili. Bandage visualizza grafi di assemblati, con connessioni, usando algoritmi di disposizione di grafi. I nodi nel grafo disegnato, che rappresentano i contig, possono essere automaticamente etichettati con il loro ID, lunghezza o profondità. Gli utenti possono interagire con il grafo spostando, etichettando e colorando i nodi. Le informazioni sulla sequenza possono essere estratte anche direttamente dal visualizzatore del grafo. Visualizzando le connessioni tra contig, Bandage apre nuove possibilità per analizzare e migliorare gli assemblati de novo, che non sono possibili osservando i contig da soli.

Ulteriori informazioni e collegamenti per il download si trovano sul sito web di Bandage: rrwick.github.io/Bandage

Il pacchetto è attinente al campo dell'assemblaggio del genoma.

Tags: Interface Toolkit: Qt

Other Packages Related to bandage

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [not arm64, hppa, ia64, m68k, mips64el, riscv64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgl1 [sparc64]

  libreria di dispatch GL indipendente dal produttore -- vecchia gestione GL

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  modulo principale di Qt 5

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.8.0)

  modulo GUI di Qt 5

  or libqt5gui5-gles (>= 5.8.0)

  modulo GUI di Qt 5 — variante OpenGL ES

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  modulo SVG di Qt 5

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  modulo per widgets di Qt 5

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

Download bandage

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.9.0-2+b1	914.8 kB	2,722.0 kB	[list of files]
amd64	0.9.0-2+b1	964.0 kB	2,328.0 kB	[list of files]
arm64	0.9.0-2+b1	893.1 kB	2,274.0 kB	[list of files]
armel	0.9.0-2+b1	874.9 kB	2,109.0 kB	[list of files]
armhf	0.9.0-2+b1	876.7 kB	1,677.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.9.0-2+b1	956.9 kB	2,511.0 kB	[list of files]
i386	0.9.0-2+b1	993.9 kB	2,336.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.9.0-2+b1	1,035.7 kB	4,198.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.9.0-2+b1	942.8 kB	2,340.0 kB	[list of files]
mips64el	0.9.0-2+b1	904.4 kB	2,896.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.9.0-2+b1	944.9 kB	2,923.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.9.0-2+b1	952.1 kB	2,719.0 kB	[list of files]
riscv64	0.9.0-2+b3	964.2 kB	1,968.0 kB	[list of files]
s390x	0.9.0-2+b1	953.2 kB	2,395.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.9.0-2+b1	1,089.7 kB	2,334.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.9.0-2+b1	838.8 kB	3,122.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.9.0-2+b1	959.3 kB	2,215.0 kB	[list of files]