Package: r-bioc-gviz (1.46.1+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-gviz  ]

disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche

Le analisi di dati genomici richiedono una visualizzazione integrata delle informazioni genomiche note e dei nuovi dati sperimentali. Gviz usa i pacchetti biomaRt e rtracklayer per effettuare le interrogazioni dal vivo delle annotazioni su Ensembl e UCSC e le traduce, ad esempio, in strutture gene/trascritto in viewport del pacchetto grafico grid. Ciò porta al disegno delle informazioni genomiche insieme ai dati dell'utente.

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  virtual package provided by r-base-core

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  funzioni generiche per Bioconductor

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  GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene)

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• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.33.1)

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• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.1.16)

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• dep: r-bioc-iranges (>= 1.99.18)

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• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.25.13)

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25)

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• dep: r-bioc-xvector (>= 0.5.7)

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• dep: r-cran-digest (>= 0.6.8)

  pacchetto GNU R per "hash digest" di strutture dati di R

• dep: r-cran-lattice

  pacchetto GNU R per grafici "Trellis"

• dep: r-cran-latticeextra (>= 0.6-26)

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  pacchetto GNU R che fornisce tavolozze adeguate di colori

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-knitr

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  suite di test di GNU R

• sug: r-cran-xml2

  analizzatore XML per GNU R

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