Package: python3-bcbio (1.2.9-2) [contrib]

[ Source: bcbio  ]

libreria per analizzare dati di sequenziamento ad alte prestazioni

Questo pacchetto installa le librerie Python 3 dell'insieme di strumenti bcbio-nextgen che implementa le buone prassi per le catene di elaborazione dati per l'analisi di sequenziamento ad alte prestazioni completamente automatizzata.

Un file di configurazione ad alto livello specifica gli input e i parametri dell'analisi per guidare una catena pipe parallela che gestisce esecuzione distribuita, riavvii idempotenti dell'elaborazione e passi transazionali sicuri. Il progetto fornisce una risorsa condivisa dalla comunità che gestisce il componente di elaborazione dei dati dell'analisi di sequenziamento, dando ai ricercatori più tempo per concentrarsi sulla biologia a valle.

Other Packages Related to python3-bcbio

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-cyvcf2

  VCF parser based on htslib (Python 3)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-logbook

  sistema di log per Python che sostituisce il modulo della libreria standard (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  sistema di tracciamento grafici basato su Python in uno stile simile a Matlab (Python 3)

• dep: python3-psutil

  modulo che fornisce funzioni di comodo per gestire processi (Python3)

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-requests

  semplice ed elegante libreria HTTP per Python 3, fatta per esseri umani

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: python3-six

  libreria di compatibilità per Python 2 e 3

• dep: python3-tornado

  server web scalabile e non bloccante, e strumenti - pacchetto Python 3

• rec: cnvkit

  rilevamento della variabilità del numero di copie da sequenziamento mirato di DNA

• rec: gsort

  sort genomic data

• rec: libfreetype6

  motore per caratteri FreeType 2, libreria condivisa

• rec: libhts-dev

  file di sviluppo per HTSlib

• rec: lumpy-sv

  infrastruttura probabilistica generica per scoperta di varianti strutturali

• rec: mosdepth

  calcolo di profondità per BAM/CRAM per sequenziamenti biologici

• rec: multiqc

  output integration for RNA sequencing across tools and samples

• rec: python3-arrow

  libreria per manipolare date, ore e marcature orarie per Python 3

• rec: python3-geneimpacts

  wrapper per strumenti a riga di comando per valutare varianti in sequenze geniche

• rec: python3-h5py

  interfaccia Python di uso generico per hdf5

• rec: python3-pyvcf

  virtual package provided by python3-vcf

• rec: python3-seqcluster

  analysis of small RNA in NGS data

• rec: python3-statsmodels

  modulo Python 3 per la stima di modelli statistici

• rec: python3-tabulate

  stampa abbellita di dati tabellari in Python 3

• rec: r-bioc-purecn

  copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing

• rec: r-bioc-titancna

  Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing

• rec: r-other-wasabi

  preparazione con GNU R dell'output di Sailfish e Salmon per analisi a valle

• rec: seqan-apps

  libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche

• rec: snpeff

  genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool

• rec: vcfanno

  annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

• rec: vt

  toolset for short variant discovery in genetic sequence data

• sug: bcbio-doc

  Package not available

• sug: python3-bioblend

  libreria delle API di CloudMan e Galaxy (Python 3)

• sug: python3-dnapilib

  previsione di adattatori per sequenziamento di piccoli RNA - libreria

• sug: python3-msgpack

  implementazione Python 3 del formato MessagePack

Download python3-bcbio

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	1,239.7 kB	4,871.0 kB	[list of files]