Package: mafft (7.505-1 and others)

[ Source: mafft  ]

programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

MAFFT è un programma per l'allineamento di sequenze multiple che offre tre metodi orientati all'accuratezza:

  * L-INS-i (probabilmente il più accurato; raccomandato per meno di 200
    sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora
    informazioni sull'allineamento locale di coppie);
  * G-INS-i (adatto per sequenze di lunghezza simile; raccomandato per
    meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che
    incorpora informazioni sull'allineamento globale di coppie);
  * E-INS-i (adatto per sequenze contenenti grandi regioni non
    allineabili; raccomandato per meno di 200 sequenze);

e cinque metodi orientati alla velocità:

  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; solo due cicli);
  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; massimo 1000
    iterazioni);
  * FFT-NS-2 (veloce; metodo progressivo);
  * FFT-NS-1 (molto veloce; raccomandato per più di 2000 sequenze;
    metodo progressivo con un albero guida grezzo);
  * NW-NS-PartTree-1 (raccomandato per ~50.000 sequenze; metodo
    progressivo con l'algoritmo PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, ia64, riscv64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• rec: blast2

  Package not available

• rec: libwww-perl

  interfaccia semplice e coerente al world-wide web

• rec: lynx

  browser web non grafico (modalità testuale) classico

• rec: ruby

  interprete per il linguaggio di scripting orientato agli oggetti Ruby (versione predefinita)

• enh: t-coffee

  allineamento di sequenze multiple

Download mafft

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	7.505-1	1,032.8 kB	15,184.0 kB	[list of files]
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[list of files]
arm64	7.505-1	911.0 kB	12,026.0 kB	[list of files]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[list of files]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	7.505-1	890.5 kB	11,092.0 kB	[list of files]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	7.505-1	968.3 kB	10,923.0 kB	[list of files]
mips64el	7.505-1	873.9 kB	14,427.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	7.505-1	1,036.3 kB	16,784.0 kB	[list of files]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[list of files]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[list of files]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	7.505-1	879.0 kB	11,959.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	7.505-1	1,056.5 kB	33,604.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	7.505-1	1,041.3 kB	11,379.0 kB	[list of files]