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Package: autodock (4.2.6-9) [debports]

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analisi dei legami dei ligandi alla struttura di una proteina

AutoDock è un rappresentante di spicco dei programmi che si occupano della simulazione dell'aggancio di ligandi chimici piuttosto piccoli a recettori proteici piuttosto grandi. Le versioni precedenti avevano tutta la flessibilità nei ligandi, mentre la proteina era mantenuta piuttosto rigida. Questa ultima versione 4 permette anche la flessibilità di catene laterali selezionate di residui superficiali, cioè tiene in considerazione i rotameri.

Il programma AutoDock esegue l'aggancio del ligando ad una serie di griglie che descrivono la proteina bersaglio. AutoGrid pre-calcola queste griglie.

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