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Package: idba (1.1.3-3)

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assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di letture corte

IDBA sta per "Iterative De Bruijn graph Assembler" (assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn). Nella biologia computazionale di sequenze, un assemblatore risolve il puzzle proveniente da macchine per grandi sequenziamenti che hanno molti gigabyte di letture corte da un grande genoma.

Questo pacchetto fornisce diverse versioni dell'assemblatore IDBA, dato che tutte condividono lo stesso albero sorgente ma assolvono scopi diversi e si sono evolute nel tempo.

IDBA è l'assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di base per letture di sequenze di seconda generazione. IDBA-UD, un'estensione di IDBA, è progettato per utilizzare letture ad estremità accoppiate per assemblare regioni a bassa profondità e usare profondità progressiva nei contig per ridurre gli errori nelle regioni ad alta profondità. È un assemblatore di uso generico ed è specialmente adatto per dati di sequenziamento di cellule singole e di metagenomica. IDBA-Hybrid è un'altra versione aggiornata di IDBA-UD che può utilizzare un genoma simile di riferimento per migliorare i risultati dell'assemblaggio. IDBA-Tran è un assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn per dati RNA-Seq.

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Architecture Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 385.1 kB2,951.0 kB [list of files]
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arm64 333.1 kB2,191.0 kB [list of files]
armel 319.3 kB2,199.0 kB [list of files]
armhf 329.5 kB1,575.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 413.8 kB2,863.0 kB [list of files]
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i386 417.7 kB2,831.0 kB [list of files]
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kfreebsd-i386 419.9 kB2,819.0 kB [list of files]
mips 390.8 kB3,238.0 kB [list of files]
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mipsel 402.8 kB3,242.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 380.2 kB3,227.0 kB [list of files]
ppc64el 381.4 kB3,035.0 kB [list of files]
riscv64 (unofficial port) 370.8 kB1,863.0 kB [list of files]
s390x 332.9 kB2,703.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 309.3 kB2,355.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 361.4 kB2,319.0 kB [list of files]