Package: python-pyfaidx (0.5.5.2-1)

[ Source: python-pyfaidx  ]

accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python

Samtools fornisce una funzione "faidx" (FAsta InDeX) che crea un piccolo file indice piatto ".fai" che permette un accesso casuale veloce a qualsiasi sottosequenza del file FASTA indicizzato, caricando solo una quantità minima del file in memoria. Questo modulo Python implementa classi Python pure per indicizzazione, recupero e modifica sul posto di file FASTA usando un indice compatibile con samtools. Il modulo pyfaidx è compatibile a livello di API con il modulo seqdb di pygr. Uno script "faidx" a riga di comando viene installato accanto al modulo pyfaidx e facilita manipolazioni complesse di file FASTA senza alcuna conoscenza di programmazione.

Questo pacchetto fornisce i moduli Python 2 per accedere a file FASTA.

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  rilevazione di pacchetti e accesso a risorse usando pkg_resources

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  libreria di compatibilità per Python 2 e 3 (interfaccia Python 2)

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