Package: roary (3.12.0+dfsg-2)

[ Source: roary  ]

catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi

Roary è una catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi, che accetta assemblati annotati in formato GFF3 (come prodotti, ad esempio, da Prokka) e calcola il pan-genoma. Utilizzando un PC desktop standard può analizzare insiemi di dati con migliaia di campioni, cosa che è impossibile, dal punto di vista del calcolo, con i metodi esistenti senza compromettere la qualità dei risultati. 128 campioni possono essere analizzati in meno di 1 ora, usando 1 GB di RAM e un processore singolo. Per effettuare questa analisi utilizzando metodi esistenti servirebbero settimane e centinaia di GB di RAM. Roary non è pensato per la meta-genomica o per confrontare insiemi estremamente diversi di genomi.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing

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