Package: r-bioc-tfbstools (1.20.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-tfbstools  ]

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

TFBSTools is a package for the analysis and manipulation of transcription factor binding sites. It includes matrices conversion between Position Frequency Matirx (PFM), Position Weight Matirx (PWM) and Information Content Matrix (ICM). It can also scan putative TFBS from sequence/alignment, query JASPAR database and provides a wrapper of de novo motif discovery software.

Other Packages Related to r-bioc-tfbstools

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  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-3.5

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.5.1-1)

  nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

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  funzioni base per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.14.0)

  funzioni generiche per Bioconductor

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  funzionalità BioConductor per valutazione parallela

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.36.4)

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• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.36.3)

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• dep: r-bioc-cner (>= 1.4.0)

  rilevazione e visualizzazione di CNE

• dep: r-bioc-dirichletmultinomial (>= 1.10.0)

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  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.7)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

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• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-seqlogo (>= 1.34.0)

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• dep: r-cran-catools (>= 1.17.1)

  pacchetto GNU R che fornisce varie funzioni di utilità

• dep: r-cran-dbi (>= 0.6)

  pacchetto GNU R che fornisce un'interfaccia generica per database

• dep: r-cran-gtools (>= 3.5.0)

  pacchetto GNU R con strumenti di programmazione R di Greg Warnes e altri

• dep: r-cran-rsqlite (>= 1.0.0)

  driver R per interfaccia a database per SQLite

• dep: r-cran-tfmpvalue (>= 0.0.5)

  GNU R P-Value Computation for Position Weight Matrices

• dep: r-cran-xml (>= 3.98-1.3)

  pacchetto GNU R per l'analisi e la generazione di XML

• sug: r-cran-knitr (>= 1.11)

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-testthat

  suite di test di GNU R

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armhf	874.9 kB	1,736.0 kB	[list of files]