Package: prank (0.0.170427+dfsg-3)

[ Source: prank  ]

kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi

PRANK è un programma per allineamenti multipli probabilistici per sequenze di DNA, codoni e amminoacidi. È basato su un algoritmo innovativo che tratta le inserzioni correttamente e evita di sovrastimare il numero degli eventi di delezione. In aggiunta PRANK prende a prestito idee dai metodi di massima verosimiglianza usati in filogenetica e prende in considerazione correttamente le distanze evolutive tra le sequenze. Da ultimo, PRANK permette di definire una struttura potenziale per le sequenze da allineare e poi, contemporaneamente all'allineamento, predice le posizioni delle unità strutturali nelle sequenze.

PRANK è un programma a riga di comando per ambienti in stile UNIX, ma lo stesso motore di allineamento delle sequenze è implementato nel programma grafico PRANKSTER. In aggiunta a fornire un'interfaccia facile da usare per coloro che non hanno familiarità con i sistemi Unix, PRANKSTER è un navigatore di allineamenti per gli allineamenti salvati in formato HSAML. Il nuovo formato permette di memorizzare tutte le informazioni generate dallo strumento di allineamento e il navigatore di allineamenti è un modo comodo per analizzare e manipolare i dati.

PRANK mira ad un allineamento di sequenze corretto dal punto di vista evolutivo e spesso il risultato è diverso da quelli generati con altri metodi di allineamento. Ci sono, tuttavia, casi in cui l'aspetto diverso è causato da violazioni degli assunti del metodo. Per capire perché le cose possono andare storto e come evitarlo, leggere la spiegazione delle differenze tra PRANK e i metodi tradizionali di allineamento progressivo.

Other Packages Related to prank

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

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  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• enh: t-coffee

  allineamento di sequenze multiple

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	386.0 kB	1,180.0 kB	[list of files]
arm64	318.8 kB	1,044.0 kB	[list of files]
armel	328.1 kB	1,091.0 kB	[list of files]
armhf	333.8 kB	779.0 kB	[list of files]
i386	395.6 kB	1,303.0 kB	[list of files]
mips64el	309.6 kB	1,335.0 kB	[list of files]
mipsel	315.6 kB	1,380.0 kB	[list of files]
ppc64el	349.3 kB	1,320.0 kB	[list of files]
s390x	336.6 kB	1,188.0 kB	[list of files]