Package: miniasm (0.3+dfsg-2)

[ Source: miniasm  ]

assemblatore de novo ultraveloce per letture lunghe di sequenze di DNA con rumore

Miniasm è un assemblatore de novo sperimentale molto veloce e basato su OLC per letture lunghe con rumore. Prende in input le automappature di letture tutti-contro-tutti (tipicamente da minimap) e produce in output un grafo di assemblaggio in formato GFA. A differenza dagli assemblatori più popolari, miniasm non ha un passaggio di consenso. Semplicemente concatena pezzi di sequenze di letture per generare le sequenze unitig finali. Perciò il tasso di errore per base è simile a quello delle letture grezze di input.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to miniasm

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• rec: minimap

  strumento per mappatura approssimata di biosequenze lunghe come letture di DNA

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	29.6 kB	70.0 kB	[list of files]
arm64	27.8 kB	66.0 kB	[list of files]
armel	28.3 kB	66.0 kB	[list of files]
armhf	26.8 kB	54.0 kB	[list of files]
i386	31.9 kB	74.0 kB	[list of files]
mips64el	30.4 kB	78.0 kB	[list of files]
mipsel	30.0 kB	77.0 kB	[list of files]
ppc64el	32.6 kB	83.0 kB	[list of files]
s390x	28.5 kB	74.0 kB	[list of files]