Package: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-5)

[ Source: lumpy-sv  ]

infrastruttura probabilistica generica per scoperta di varianti strutturali

LUMPY, un'innovativa infrastruttura per scoperta di SV che integra naturalmente segnali SV multipli unitamente attraverso campioni multipli. LUMPY produce sensibilità migliorata, specialmente quando il segnale SV è ridotto a causa della bassa copertura dei dati o della bassa frequenza di varianti di alleli nei campioni.

Other Packages Related to lumpy-sv

• dep: bamkit

  strumenti per comuni manipolazioni di file BAM

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  fornisce le funzionalità della libreria C zlib in un iostream C++

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-numpy

  veloce struttura per array per il linguaggio Python 3

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• rec: sambamba

  strumenti per lavorare con dati SAM/BAM

Download lumpy-sv

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	181.5 kB	631.0 kB	[list of files]
arm64	159.7 kB	563.0 kB	[list of files]
armel	153.3 kB	545.0 kB	[list of files]
armhf	161.4 kB	433.0 kB	[list of files]
i386	198.4 kB	673.0 kB	[list of files]
mips64el	167.4 kB	720.0 kB	[list of files]
mipsel	175.8 kB	708.0 kB	[list of files]
ppc64el	183.2 kB	803.0 kB	[list of files]