Package: canu (2.0+dfsg-1)

[ Source: canu  ]

assemblatore di sequenze di molecole singole per genomi

Canu è un fork di Celera Assembler, progettato per sequenziamento con alto rumore di molecole singole (come PacBio RS II o Oxford Nanopore MinION).

Canu è una catena pipe di assemblaggio gerarchico che viene eseguita in quattro passi:

 * rilevamento di sovrapposizioni in sequenze con alto rumore usando MHAP;
 * generazione del consenso delle sequenze corrette;
 * taglio delle sequenze corrette;
 * assemblaggio delle sequenze corrette dopo il taglio.

Other Packages Related to canu

• dep: gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  modulo per ottenere informazioni sullo spazio sul disco del file system

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: nanopolish

  identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori

• sug: pbgenomicconsensus

  Package not available

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,226.6 kB	9,210.0 kB	[list of files]
arm64	1,100.2 kB	8,667.0 kB	[list of files]
armel	1,075.7 kB	8,521.0 kB	[list of files]
armhf	1,101.1 kB	6,673.0 kB	[list of files]
i386	1,352.2 kB	10,418.0 kB	[list of files]
mips64el	1,342.8 kB	12,314.0 kB	[list of files]
mipsel	1,386.0 kB	11,249.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,218.4 kB	12,366.0 kB	[list of files]
s390x	1,072.7 kB	9,029.0 kB	[list of files]