Package: atac (0~20150903+r2013-8 and others)

[ Source: kmer  ]

confronto di genomi assemblaggio-verso-assemblaggio

atac calcola un allineamento uno-a-uno per coppie di grandi sequenze di DNA. Prima trova i k-meri unici in ciascuna sequenza, li concatena in blocchi più grandi e riempie gli spazi tra i blocchi. È stato scritto principalmente per trasferire annotazioni tra diversi assemblaggi del genoma umano.

L'output è un insieme di "corrispondenze" senza interruzioni e un insieme di "successioni" con interruzioni formate dalle corrispondenze. Ciascuna corrispondenza o successione associa una sequenza con l'altra sequenza. L'associazione è "unica" nel senso che non ci sono altre associazioni (di dimensioni considerevoli) per l'una o l'altra sequenza. Perciò, grandi ripetizioni e duplicazioni non sono presenti nell'output, appaiono come regioni non mappate.

Sebbene l'output sia sempre a coppie, atac può tenere in cache i risultati intermedi per velocizzare il confronto di sequenze multiple.

Questo pacchetto fa parte della suite Kmer.

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• rec: kmer-examples

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0~20150903+r2013-8+b1	367.5 kB	2,738.0 kB	[list of files]
arm64	0~20150903+r2013-8+b1	351.0 kB	2,517.0 kB	[list of files]
armel	0~20150903+r2013-8+b1	338.6 kB	2,460.0 kB	[list of files]
armhf	0~20150903+r2013-8+b1	337.1 kB	2,064.0 kB	[list of files]
i386	0~20150903+r2013-8+b1	393.8 kB	2,972.0 kB	[list of files]
mips64el	0~20150903+r2013-8+b1	388.1 kB	3,081.0 kB	[list of files]
mipsel	0~20150903+r2013-8+b1	440.8 kB	3,077.0 kB	[list of files]
ppc64el	0~20150903+r2013-8+b1	396.7 kB	3,746.0 kB	[list of files]
s390x	0~20150903+r2013-8+b1	337.5 kB	2,745.0 kB	[list of files]