Package: seqsero (1.0.1+dfsg-4)

[ Source: seqsero  ]

serotipizzazione di Salmonella da dati di sequenziamento del genoma

SeqSero è una catena di elaborazione dati per la determinazione del serotipo di Salmonella da letture grezze di sequenziamento o assemblati genomici.

SeqSero è uno strumento innovativo per determinare i serotipi di salmonelle usando dati di sequenziamento genomico ad alte prestazioni. SeqSero è basato su database curati di determinanti dei serotipi per Salmonella (cluster di geni rfb, alleli fliC e fljB) e ci si attende che determini il serotipo rapidamente e accuratamente per quasi l'intero spettro di serotipi di Salmonella (più di 2.300 serotipi), sia da letture grezze di sequenziamento sia da assemblati genomici. Le prestazioni di SeqSero sono state valutate testando:

 1. letture grezze dai genomi di 308 isolati di Salmonella di serotipo
    noto;
 2. letture grezze dai genomi di 3.306 isolati di Salmonella sequenziati e
    resi pubblicamente disponibili da GenomeTrakr, una rete di monitoraggio
    nazionale degli Stati Uniti operata dalla Food and Drug Administration,
 3. 354 altre bozze di genomi o genomi completi di Salmonella pubblicamente
    disponibili.

SeqSero può aiutare a mantenere l'utilità ben consolidata della serotipizzazione di Salmonella quando integrata in una piattaforma di sottotipizzazione e caratterizzazione di patogeni basate su WGS.

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