Package: mummer (3.23+dfsg-7)

[ Source: mummer  ]

Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi

MUMmer è un sistema per allineare rapidamente interi genomi, sia in forma completa o in forma di bozza. Per esempio, MUMmer 3.0 può trovare tutte le corrispondenze esatte di 20 o più coppie di basi in un genoma di 5 milioni di basi in 13.7 secondi, usando 78MB di memoria su una macchina Linux desktop a 2.4 GHz. MUMmer può anche allineare genomi incompleti; gestisce con facilità le centinaia o migliaia di tratti contigui di un progetto di sequenziamento shotgun e li allinea con un altro insieme di contigui o con un genoma usando il programma NUCmer incluso nel sistema. Se le specie sono troppo divergenti per trovare una somiglianza nell'allineamento delle sequenze di DNA, allora il programma PROmer può generare allineamenti basati sulla traduzione dei sei moduli di lettura di entrambe le sequenze di input.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

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