Package: ecopcr (1.0.1+dfsg-2)

[ Source: ecopcr  ]

stima della qualità dei primer dei codici a barre PCR

Il DNA barcoding è uno strumento per caratterizzare l'origine delle specie usando una sequenza corta da una posizione standard e concordata del genoma. Per essere usato come codice a barre del DNA, un locus del genoma dovrebbe variare tra gli individui della stessa specie solo in modo contenuto e dovrebbe variare tra specie molto rapidamente. Da un punto di vista pratico, un locus per codice a barre dovrebbe essere affiancato da due regioni conservate per designare primer per PCR. Diversi loci di codici a barre scoperti manualmente come COI, rbcL, rRNA 23S, 18S e 16S, o trnH-ps oggi sono usati abitualmente, ma nessuna funzione obiettiva è stata descritta per misurare la loro qualità in termini di universalità (copertura del codice a barre, barcode coverage o Bc) o in termini di capacità di discriminazione tassonomica (specificità del codice a barre, barcode specificity o Bs).

ecoPCR è un software per PCR elettronico sviluppato da LECA e Helix-Project. Aiuta a stimare la qualità dei primer per barcoding. Insieme a OBITools si può post-elaborare l'output di ecoPCR per calcolare la copertura e la specificità del codice a barre. Nuovi primer per barcoding possono essere sviluppati usando il software ecoPrimers.

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